从1949年5月8日入伍，到1960年1月正式退伍，这一段军旅生涯超过了法师少年和尚的年数，但在其心中一直认为自己是个出家的和尚。在退伍后，圣严法师思考未来前途，在灵源和尚的启发下，决心再次出家。这一次出家，是依止镫朗东初老人（西元1907年－1977年）为剃度师，所给的法派字号为“慧空圣严”。
东初老人是太虚大师的学生，也曾经担任江苏省镇江名刹曹洞宗定慧寺的方丈，亦是曹洞宗创始人洞山良价下第五十代传人，老人同时也在临济宗下常州天宁寺参学，亦在临济宗普陀山系的寺院出家，故一人传承曹洞宗与临济宗两支法门。
圣严法师除了从东初老人得到两系的传承之外，在1978年12月5日承临济宗法脉的灵源和尚将法脉赐给圣严法师，其法脉字号为“知刚惟柔”，并给了一份法脉传承谱《星灯集》，使其与鼓山涌泉寺临济宗派下法脉有了传承关系，并同时成为临济义玄之下第五十七代传人。
东初老人为承继太虚大师遗志鼓吹“人间佛教”的建立，故与几位佛教青年合办了《人生》月刊，当法师投到东初老人座下时，正当《人生》的主编提出请辞的要求，故法师于是从投稿者而成为主编，前后一共为它服务了两年。1961年农历8月，法师于基隆八堵的海会寺，依道源能信长老（西元1900年-1988年）座下，求受沙弥、比丘、菩萨的三坛护国千佛大戒，而被选为沙弥首。
延伸阅读
为何不享受一天佛陀的日子 今天就算讲到死去活来，你仍然不悟！因为不悟的人，说无念，执着无念…忍辱其实不是忍气吞声 忍辱≠忍气吞声，很多人都搞不明白这一点
“辱”的字面意义是受到侮辱，…不要自己逼自己 有人问我：“师父，我看了很多有关积极人生观的书，希望能鼓励自己不断努力。可…正确对待情感问题 有句话说：“情不重，不生娑婆。”佛教里称世间的人为“有情众生”。
每位在…不懂就说不懂 对于一般人来说，“慢”就是“骄傲”。但是，佛经将它分析得比较细，例如“过慢”…赞佛偈 天上天下无如佛，十方世界亦无比，世间所有我尽见，一切无有如佛者。
意思是：天上天…赞佛偈 阿弥陀佛身金色。相好光明无等伦。白毫宛转五须弥。绀目澄清四大海。
光中化佛无数亿。…