原称佛心堂,系同安前民军旅长叶定国为其夫人邵氏别居奉佛而建。堂在同安区莲花镇,莲花村外绿野平畴之间。环境幽静,堂院为近代闽南常见的民间大宅院。两进三开间,前院厅房院为住众生活起居之所,后院两层楼房,作为供佛殿堂。邵氏名婉,晚年长斋奉佛,皈依厦门会泉长老为师,法名“本觉”。堂建成后,邵氏即与其养女林鸳鸯及3名使女进住,并于民国二十五年(1936),恭请会泉长老主持佛像开光典礼。会泉见佛堂环境清净宽敞,宅后有成片蔬菜果园,门前有数亩可耕农田,大可按泉州朵莲寺等三大女众丛林模式扩建为出家菜姑共住持修农禅的寺院。此议深得邵氏赞许,乃由大师亲笔题匾改为“佛心寺”,并聘请朵莲寺执事红姑等三位菜姑来寺任监院,负责掌理寺务。此后,漳、泉两地菜姑纷纷来寺住褡,最多达20多人,诸多女众以农禅持修,和乐相处。
抗战期间,民国二十七年(1938),日军占据厦门,佛心寺住众相继撤入内地,住持红姑也往内地另建道场。至民国三十年,寺中仅住开因等5位当地菜姑,以开因任监院管理寺务,并由其率众从事农耕生产。民国三十二年,邵氏生西,开因姑为住持。
1951年,佛心寺宅院被地方小学及农技站借用,仅留三间厢房作为五位菜姑宿舍;后感年轻菜姑与外来学校师生杂居相处诸多不便,至1952年,开因姑与住寺诸女众相率离寺他就。开因离寺后,即到厦门万石岩住褡,随后进入为出家女众合办的“群华”纺织厂工作,做工自食其力。数十年来始终坚持独身不嫁,长斋奉佛不辍。
1995年,开因姑以古稀高龄,为回收佛心寺而奔走于厦门、同安之间。经再三请求有关部门支持,直至1999年,才得以全部回收寺权。2000年,聘请闽南佛学院比丘尼释竺冰法师住持寺院,共住比丘尼11人。竺冰法师住持佛心寺后,便带领住众开展宏法利生活动。每月初十举行消灾延寿药师法会;并于初一、初十礼请厦门市第三医院医生和退休的名老中、西医义务来寺坐堂开展义诊施药活动。