《南京宗教史》记载南朝毗卢禅寺，东临清溪河，西依台城墙。侯景之乱，重兵陡临，岸旁古寺，为最佳登陆抢滩之地。古代河流，顿成快捷高速通道，台城危机，宫廷告急，梁帝被困。
闹剧湮没，历史证鉴。清溪畅流，双井涌泉。台城佛寺，紧密相联。佛佑平安，妙法源远。
隋文帝杨坚拿下金陵，入毗卢禅寺，上香礼佛，问僧寻道。在佛前开启随身携带的包裹，圣物重光，舍利显灵。依嘱颁旨，八十三州建塔，为之后唐代的佛教史，佛教宝塔史，增添了重彩浓墨。
唐、宋、元、明等多个朝代，古刹几度沧桑，几兴几衰，只留下文句瓦砾，僧人量宏守寺，虔心念佛，戒行正觉。
1845年两江总都曾国荃，以清庭钦差大臣爵号，大兴土木，扩建梵宇，毗卢禅寺成为金陵第一大寺，住持海峰大和尚。
1909年谛闲大师主讲天台宗教义。
1912年元旦，中山先生极力倡导，并指令秘书马君武和高僧太虚大师，中国佛教协进会在毗卢寺诞生，此为中国佛教会前身。
1919年瑞生大和尚举行圆通二部僧大戒，戒子一百二十人。
1933年太虚大师开讲《唯识三十论》。
1937年，罗瑾、吴旋，将侵华日军屠城的罪恶照片，密藏在山门弥勒佛座下。
1939年务道大和尚创办毗卢佛学院。
1941年日本赠桧木十一面观音像，毗卢寺千手观音到日本。
1945年峻岭大和尚传授三坛大戒，任得戒大和尚。中国佛教会和中华佛学研究会，由重庆迁回南京毗卢寺。1947年4月太虚大师国葬追悼会在毗卢寺举行，国府委员章嘉主祭。国府各部会代表，及全国各省市佛教会代表千余人出席。蒋介石题“潮音永亮”。 1947年5月在毗卢禅寺召开抗战胜利后全国第一届佛教代表大会，国府委员，藏传佛教高僧、黄教格鲁派首席首领，章嘉呼图克图当选理事长，驻锡万佛宝楼。安徽代表赵朴初居士当选理事，任秘书工作。
1948年首都中医院在毗卢寺成立，于佑任为董事长，并举办中国中医进修班，为国家培养了一批医务人才。
1955年国务院总理周恩来陪缅甸总理吴奴参拜十一面观世音菩萨圣像。
1956年，世界佛教徒联谊会在毗卢寺召开。江苏省佛教界学习委员会在毗卢寺成立，茗山长老任秘书长，开办爱国主义学习班。
1957年开办第二期爱国主义学习班，组织赴京，出席中国佛教协会第二届全国代表大会。
1961年日僧大谷莹润、西川景文，将一本由日本佛教徒和日本大学教授，一千多人签字“日中不战之誓”送给中国佛教协会。
1966年，“文化大革命”，佛事中断，僧去寺空，江苏无线电厂起用。
1988年全国政协副主席、中国佛教协会会长赵朴初居士，在省市领导吴锡军，沃丁柱等的陪同下，故地重游，题写毗卢寺。
1998年，经南京市人民政府批准，毗卢寺为合法宗教场所。由传义大和尚接管，砌炉开灶，戒定真香，诵经办道。
1999年1月市长王宏民、副市长罗志军率市政府多部门主要负责人视察毗卢寺，毗卢寺复建工程，列入南京市人民政府四十八项奋斗目标之一，传义大和尚获颁发建设新南京有功功臣的个人奖牌。
2000年5月3日中国佛教协会副会长、镇江焦山定慧寺方丈茗山长老，南京市佛教协会副会长兼秘书长辉坚长老，在大雄宝殿设坛传法。由南京市佛教协会副会长本振长老倡议，传义授记曹洞宗第四十九代传人。
2003年全国政协常委、中国佛教协会驻会副会长圣辉长老，日本国会众议员近藤昭一等人，出席万佛楼主体落成庆典，圣辉长老代表中国佛教协会作重要讲话。
2004年市长罗志军，常务副省长蒋定之陪同中央首长李岚清参观万佛楼。
2006年2月22日全国政协常委、中国佛教协会驻会副会长圣辉长老，中国佛教协会副会长明生大和尚、永寿大和尚、永信大和尚、觉醒大和尚、牯巴龙庄勐大佛爷等百位大和尚，主法万佛开光圣典，鉴证毗卢寺方丈传义大和尚升座盛况。3月14日中央首长丁关根携夫人视察毗卢寺。3月21日台湾佛光山星云长老，民进党前主席许尽良等人参观万佛搂。4月22日中央委员、全国政协民族和宗教委员会主任纽茂生一行调研毗卢寺。5月14日东方三圣殿落成庆典，市政协副主席俞明主持大会，市人大常委会副主任黄煌讲话，日本众议员近滕昭一专程前来出席。10月10日台湾“中国佛教会”理事长净良长老，新加坡毗卢寺住持慧雄长老莅临毗卢寺。
2007年台湾“中国佛教会”理事长净良长老，率台湾各县市理事长、秘书长一行七十人，寻根之旅。在法堂举行中国佛教会成立六十周年暖身庆典，及台湾“中国佛教会”2007年工作通报。中国佛教协会主要领导学诚大和尚在法堂会见了台湾同胞，并发表重要讲话。
2008年元旦，在大雄宝殿举行祈福奥运大型民间撞钟活动，中央电视台《新闻联播》播出，参加的奥运冠军和市民等皆欢欣鼓舞。
5-12“汶川大地震”，寺僧多次举行和参加赈灾捐款活动，为灾区往生者超度极乐。祈福幸存者身心康泰，重建美好家园。
5月24日由北京大学、毗卢寺、佛教在线共同主办首届中国近现代佛教学术研讨会。在毗卢寺法堂举行了开幕式，国家宗教局副局长蒋坚永，江苏省宗教局局长王军，南京市委常委、统战部长钱继红，全国政协常委、中国佛教协会副会长、西藏自治区政协副主席珠康大活佛，中国佛教协会副会长、嵩山少林寺方丈永信大和尚，洛阳白马寺方丈印乐大和尚，开封大相国寺方丈心广大和尚，平顶山香山普门禅寺方丈宏法大和尚，北京大学教授楼宇烈，人民大学教授方立天，中国佛教文化研究所所长杨曾文，台湾“中国佛教会”理事长净良长老，日本友人长冈进，名古屋市佛教会前会长、真宗大谷派住持伊藤正导，圆光寺住持大东仁等专家学者和国际友人出席。香港佛教联合会会长觉光长老专门修书祝贺，盛况空前，佛都欢喜。
2010年4月日中文化交流促进会、南京毗卢寺、南京古都美术馆联合在古都美术馆举办“国际书法展”。日本前首相海部俊树、前外相高村正彦等政商两界人士出席开幕式。
6月传义大和尚护法佛顶骨舍利从南京博物馆起驾，并主法佛顶骨舍利重光法会，接受香港凤凰卫视著名记者杨锦麟专访。
9月由北京大学、佛教在线、毗卢寺共同主办的第二届近现代佛教学术研讨会在北京大学举办。楼宇烈、方立天、安虎生、桑吉、纪勤、正慈、传义、宗性、亲远、理正、理净等专家学者，高僧大德出席。
11月全国青联副主席学诚大和尚，率全国宗教界代表人士学习考察团调研毗卢寺。
2011年大雄宝殿乔移庆典，中国佛教协会副会长珠康活佛、湛如大和尚、心澄大和尚、正慈大和尚；国际部主任普正大和尚，副主任李贺敏，寺庙办主任清远大和尚；美国洛杉矶宏正大和尚，日僧则竹秀南长老，大东仁及多位台湾同胞；市委常委、市委统战部长项雪龙等出席。
2012全国人大副委员长桑国卫，省政协副主席、省委统战部长罗一民视察毗卢寺。
2013年自在大佛落成，中国佛教协会副会长、江苏省佛教协会会长、镇江金焦两山方丈心澄大和尚，美国法印寺开山祖印海长老，美国正信佛教会会长、洛杉矶法印寺方丈宏正大和尚，及南京地区各大佛寺方丈和尚，共同主持开光大典。
2014年8月传义大和尚写国画“祈福青奥、佛佑平安 观音菩萨圣像”，捐赠青奥组委会。
12月13日，南京大屠杀遇难同胞首次国家公祭日，传义大和尚出席并主持祈祷世界和平法会。
2015年7月毗卢寺与梅园新村纪念馆联合在古都美术馆及梅园新村纪念馆举办“伟大的胜利——纪念中国人民抗日战争胜利七十周年名家书画邀请展”，庄希祖、传义、于洪军、杨小民、陈克年、王志华、徐文艺、潘晓鸣等在书画领域有一定代表性的艺术家应邀参展。
10月大雄宝殿前的放生池落成，双井注水，活水引流，源源不断，法喜圆满。
延伸阅读